Методът е разновидност на ин витро оплождането. При стандартната процедура яйцеклетката се поставя в среда с хиляди сперматозоиди, като се разчита на спонтанното оплождане. При ИКСИ се подбира само един, който се инжектира директно в цитоплазмата на яйцеклетката след като тя достигне до определена зрялост. Поради своята по-висока прецизност и добри резултати, методът става все по-предпочитан за използване пред стандартната ин витро процедура.